Transtornos neurocutâneos
Em cada recém-nascido com macrocefalia deve-se suspeitar a possibilidade de um transtorno neurocutáneo; portanto, a avaliação deve incluir um exame cutâneo cuidadoso. As duas afecções neurocutáneas mais freqüentemente associadas com macrocefalia são a hipomelanosis do Ito e o síndrome do nevus linear sebáceo.

Síndrome de Soto
Os neonatos com síndrome de Soto possuem uma macrocefalia borderline. O diagnóstico desta disordem é estabelecido pela presença de um estirão de crescimento além da escala normal durante os primeiros 3 anos da vida. O estirão excessivo deste crescimento faz com que o infante torne-se maior do que o normal, em especial a cabeça. Os níveis plasmáticos de somatomedina se encontram elevados geralmente durante o estirão de crescimento. A síndrome de Soto é geralmente uma condição esporádica, embora casos familiais sejam relatados. O estrogênio pode reduzir o crescimento nas meninas.

Megalencefalias metabólicas
As megalencefalias metabólicas não se apresentam geralmente no período neonatal. As exceções à esta regra são a acidemia glutárico tipo I, a doença de Canavan e a doença de Alexander.