El coma neonatal debido a un trastorno de oxidación de los ácidos grasos puede ocurrir con cualquiera de las siguientes afecciones: (1) deficiencia de cadenas corta, intermedia, o larga de acil-CoA deshidrogenasa; (2) deficiencia múltiple de acil-CoA-deshidrogenasa (acidemia glutárica II); (3) deficiencia de deshidrogenasa hidroximetilglutaril-CoA; y (4) defectos del ciclo de la carnitina. Los rasgos característicos de trastornos de oxidación de los ácidos grasos son: acidosis metabólica moderada, hipoglucemia no cetósica, niveles hemáticos de carnitina total bajos o normales, aciduria dicarboxílica. Con los desajustes de la oxidasa de ácidos grasos también pueden existir hiperamonemia moderada y una elevación no significativa de las transaminasas hepáticas. El diagnóstico definitivo se establece con la demostración del defecto enzimático en leucocitos y fibroblastos. El tratamiento consiste en suspender la ingestión de grasas, corregir la hipoglucemia con glucosa, y proporcionar la carnitina oral a razón de 100 mg/kg/día. Se recomienda la riboflavina en dosis de 50-750 mg diarios. Debe evitarse el ayuno.

El coma debido a errores congénitos del metabolismo de los carbohidratos ocurre en los deficiencias de fructosa-1-6-difosfato y de fructosa-1-fosfato aldolasa (intolerancia hereditaria a la fructosa). La primera produce acumulación de ácido láctico y pirúvico, aumento de la cetosis e hipoglucemia. El tratamiento consiste en adición continua de un suplemento de glucosa para evitar la gluconeogénesis. La intolerancia hereditaria a la fructosa se presenta con vómitos, después de añadir a la dieta neonatal jugo de fruta o azúcar. El vómito contínuo lleva al coma. Las anormalidades de los carbohidratos se diagnostican al hallar una menor actividad enzimática en el hígado. El tratamiento consiste en eliminar la fructosa de la dieta y corregir la hipoglucemia.

Para ayudar a establecer el diagnóstico específico de un trastorno metabólico en el neonato con sospecha de tener una alteración metabólica, deben agruparse según los resultados de los análisis de sangre obtenidos con mayor rapidez: pH, glucosa, lactato y amoníaco en sangre, y cetonas en orina. Es probable que los neonatos con cetoacidosis e hipoglucemia tengan un error metabólico que involucre la vía de la leucina, acidemias propiónicas o metilmalónicas, o un trastorno del metabolismo de los carbohidratos.
Los neonatos con hiperamonemia y alcalosis respiratoria suelen tener un defecto del ciclo de la urea. Los neonatos con cetonas urinarias bajas e hipoglucemia en general sufren un trastorno mitocondrial de la beta oxidación de los ácidos grasos. Es probable que en neonatos con acidosis láctica haya deficiencia de piruvato deshidrogenasa, deficiencia de piruvato carboxilasa, o un defecto enzimático de la cadena respiratoria, pero otros trastornos también son frecuentes en este grupo.
La evaluación de neonatos con acidosis láctica es complicada, ya que el ácido láctico se eleva con frecuencia en un número grande de situaciones. Las afecciones con acidosis láctica en neonatos pueden agruparse según los resultados de los ácidos orgánicos en la orina. Hay acidosis láctica y aciduria orgánica cuando existen defectos de la beta oxidación de los ácidos grasos, deficiencia de biotinidasa, deficiencia múltiples de las carboxilasas y acidemias orgánicas. La acidosis láctica sin aciduria orgánica ocurre en los defectos de la piruvato deshidrogenasa, enzimas glucogénicas, piruvato carboxilasa y en los defectos de la cadena respiratoria. Pueden agruparse posteriormente los trastornos metabólicos con producción de acidosis láctica sin acidemia orgánica, según la relación lactato/piruvato y la concentración de piruvato. La concentración sérica normal de la relación de lactato (0.8 a 2.2 mmol/L) con piruvato (0.04 a 0.01 mmol/L) es menor de 25 (lactato 25: piruvato 1). Dicha relación depende del estado de oxigenación de los tejidos (lactato = piruvato multiplicado por el estado de oxigenación de los tejidos [x]). El estado de oxigenación del tejido [x] depende de la cantidad de NADH2 y NAD en el citosol (NADH2/NAD). Así que un trastorno metabólico asociado con la acidosis láctica y un número alto de x tendrá niveles séricos de lactato altos a pesar de valores bajos de piruvato [aumento de la relación lactato/piruvato (lactato mayor de 35: piruvato 1)]; mientras que enfermedades con acidosis láctica y un x bajo tendrán un alto nivel de lactato sérico a expensas de un nivel también alto de piruvato [lactato/piruvato bajo (lactato < 25: piruvato 1)].