El tratamiento inmediato de un defecto del ciclo de la urea es el de evitar toda ingestión de proteínas y proporcionar suficiente glucosa para mantener la glucemia normal. Se debe prescribir de 2 mmol/kg de arginina, y 250 mg/kg de benzoato de sodio (solución a 3%) en el curso de 2 horas. Transcurrido este período, se seguirá suministrando arginina 2 mmol/kg /día, carnitina 150 mg/kg/día y 350 a 500 mg/kg/día de benzoato de sodio (solución a 3%), supervisando los niveles en plasma de benzoato y sodio. Después, se agregan proteínas 1.2 g/kg/día con un 50% de aminoácidos esenciales. La hemodiálisis es superior a la diálisis peritoneal para eliminar el exceso de amonio.
Las causas metabólicas hereditarias más frecuentes de hiperamoniemia en el período neonatal que principalmente involucran el ciclo de la urea son las deficiencias de: (1) carbamilfosfato sintetasa, (2) ornitintranscarbamilasa, (3) ácido argininosuccínico sintetasa, y (4) ácido argininosuccínico liasa. Se tomarán en consideración también en esta sección el déficit de ácido N-acetilglutámico-sintetasa y el síndrome de hiperornitinemia-hiperamonemia-homocitrulinuria, ya que ellos producen hiperamonemia pero no cetosis. La hiperamonemia con cetosis hace pensar en aminoácidos de la cadena ramificada o defecto del metabolismo de los ácidos orgánicos. La hiperamonemia transitoria del prematuro también será tenida en cuenta en esta sección.

Deficiencia de carbamilfosfato sintetasa
El gen de la deficiencia de carbamilfosfato sintetasa se ha clonado y se ha localizado en el cromosoma 2p. Los valores séricos del amonio y del glutamato estan elevados porque se producen en las vías alternas para que el amoníaco disponga de ellas. La arginina y la citrulina sérica tienen valores bajos porque no se producen. El ácido orótico urinario es bajo y este dato ayuda a diferenciar la deficiencia de carbamilfosfato sintetasa de la deficiencia de ornitina-transcarbamilasa (OTC). El diagnóstico se hace por biopsia hepática. Es posible formular un diagnóstico prenatal.

Deficiencia de ornitintranscarbamilasa
La deficiencia de ornitina-transcarbamilasa es un defecto del ciclo de la urea vinculado al cromosoma X. Por lo general, sólo afecta a los varones en el período neonatal. El ácido orótico urinario está elevado. El diagnóstico se confirma con biopsia hepática o de mucosa intestinal. El pronóstico es reservado.

Deficiencia de ácido argininosuccínico sintetasa
La deficiencia de ácido argininosuccínico sintetasa o citrulinemia se ha localizado en el cromosoma 9q34. La citrulina del suero está alta. El diagnóstico puede confirmarse por cultivo de fibroblastos de la piel y estudio de leucocitos. El diagnóstico prenatal se puede hacer mediante pruebas de citrulina en el líquido amniótico o ensayo de la actividad enzimática en cultivos de células amnióticas o material obtenido de los vellosidades coriónicas.

Deficiencia de ácido argininosuccínico liasa
La deficiencia de ácido argininosuccínico liasa o argininosuccínico aciduria se ha localizado en el cromosoma 7. Hepatomegalia y pelo anormal (trichorhexis nodosa) puede no estar presente en el período neonatal. El ácido argininosuccínico está elevado en la sangre pero especialmente en la orina.El diagnóstico puede confirmarse por cultivo de fibroblastos de piel y estudio de leucocitos. El diagnóstico prenatal se puede hacer mediante pruebas de ácido argininosuccínico en el líquido amniótico o ensayo de la actividad enzimática en cultivos de células amnióticas o material obtenido de los vellosidades coriónicas.

Deficiencia del ácido N-acetilglutámico sintetasa
La ácido N-acetilglutámico sintetaza cataliza la formación de N-acetilglutamato, que es un activador alostérico de la carbamilfosfato sintetasa que es la primera enzima en el ciclo de la urea. El perfil metabólico es similar al de la deficiencia de carbamilfosfato sintetasa. El diagnóstico se confirma por biopsia de hígado. El tratamiento consiste en añadir un suplemento de carbamilglutamato y dieta pobre en proteínas.

Síndrome de hiperornitinemia-hiperamonemia-homo- citrulinuria
Este síndrome se debe al transporte defectuoso de ornitina a través de la enzima mitocondrial más interna. El ciclo de la urea tiene lugar en el citosol y en la mitocondria. Hay dos aminoácidos que deben cruzar la frontera citosol-mitocondria: la citrulina y la ornitina. La primera suele cruzar de la mitocondria al citosol. La segunda hace lo contrario, del citosol a la mitocondria. El transporte de ornitina a través de la parte más íntima de la enzima mitocondrial produce el síndrome hiperornitinemia-hiperamonemia-homocitrulinuria.

Hiperamonemia transitoria del prematuro
Esta afección se presenta en dos formas: sintomática y asintomática. La primera se manifiesta con convulsiones, coma y evidencia significativa de trastorno del tronco cerebral; hay casi siempre también enfermedad de la membrana hialina; no se conoce su causa. El tratamiento consiste en la exanguinotransfusión para el control de la hiperamonemia. La segunda es arginino-sensible. La arginina se necesita para activar la síntesis de N-acilglutamato, que, a su vez, es necesario para la actividad de la carbamilfosfato sintetasa. Los neonatos con hiperamonemia tratados o no, tienen buen pronóstico.

El coma en los neonatos con trastornos de la cadena de electrones mitocondriales ocurre en la NADH-coenzima Q reductasa ( complejo I), citocromo C oxidasa (complejo IV), y en la deficiencia múltiple de deshidrogenasa de acil-CoA (acidemia glutárica tipo II). Las deficiencias de los complejos I y IV se presentan con marcada acidosis láctica; puede haber cardiomiopatía concomitante. El coeficiente lactato/piruvato es mayor de 35. El diagnóstico se establece al encontrarse deficiencia de NADH-Co Q reductasa o de citocromo C oxidasa en el músculo. El tratamiento de la deficiencia del Complejo I consiste en administración de riboflavina y succinato sódico. No hay tratamiento efectivo para la deficiencia del complejo IV.