La apariencia clínica del neonato muy hipotónico con compromiso de los pares craneales y el neonato comatoso es muy similar. La distinción entre ambos se realiza basada en el elelctroencefalograma. Los recién nacidos comatosos tienen cambios en los EEGs muy severos. Los recién nacidos con hipotonía severa suelen tener EEGs normales pero a veces pueden tener cambios en los EEGs pero no tan severos como los que ocurren en neonatos comatosos.
La única enfermedad neonatal que produce un cuadro hipotónico de suficiente magnitud para confundirse con un coma es el botulismo. El botulismo se caracteriza por estreñimiento que precede la hipotonía y una estado mental normal a medida que se desarrolla la debilidad. La estimulación eléctrica de los nervios periféricos, en los neonatos con botulismo y este grado tan severo de hipotonía, no produce contracciones musculares debido al bloqueo completo que existe en la unión mioneural. Los pacientes con botulismo suelen tener EEGs normales, a menos que se sobreponga la hipoxia debida a fallo respiratorio o hiponatremia por secreción inadecuada de hormona antidiurética. Los neonatos con botulismo e hipoxia o hiponatremia pueden presentar EEG con actividad de fondo anormales y crisis epilepticas electroencefalográficas. Más sobre el tema...40,110

Hay muchas causas de coma. La mayoría de ellas se identifican rapidamente durante la evaluación clínica y por los resultados de laboratorio iniciales; mientras que otras requieren un alto grado de sospecha e investigaciones especiales de laboratorio para ser indentificadas.

El coma por asfixia se acompaña de acidemia metabólica o mixta severa (pH < 7.00) y de fallo multisistémico. La acidemia ocurre durante el evento o poco después de este. La acidemia se debe a un aumento del ácido láctico. El aumento del ácido láctico no se acompaña de cetosis. La ausencia de cetosis distingue la acidosis láctica por asfixia de aquella que ocurre por errores congénitos del metabolismo. Los mecanismos de la asfixia durante el trabajo de parto, parto y postparto inmediato son: (1) interrupción de la circulación umbilical; (2) alteración del intercambio gaseoso a través de la placenta; (3) perfusión inadecuada en el lado materno de la placenta, (4) alteración de la oxigenación materna; o (5) insuflación insuficiente de los pulmones al nacer.