Apnea por enfermedades sistémicas
En el neonato, la apnea es una complicación frecuente de enfermedades sistémicas.Infecciones, anemia, persistencia del conducto arterioso, errores congénitos del metabolismo, hipoglucemia, hipermagnesemia y muchas otras afecciones pueden producir apnea en el período neonatal. Las enfermedades sistémicas suelen producir apnea central.

Apnea por neumopatías
Las enfermedades pulmonares pueden producir apnea expiratoria prolongada. Las apneas producidas por enfermedades pulmonares se caracterizan por falta de flujo de aire en los pulmones, sin que haya obstrucción de las vías respiratorias superiores y pese a que se observen movimientos inspiratorios, expiratorios y abdominales, comprobados por cambios de la presión esofágica. La apnea ocurre durante el estado de vigilia (llanto y alimentación) o durante el sueño. En la polisomnografía, la apnea aparece como obstructiva puesto que persisten los movimientos respiratorios. El neumotórax bilateral y la pneumonía pueden pueden producir apnea.