Las neuropatías son raras en los neonatos. Una lesión bilateral que comprometa ya sea el par craneal V o el XII puede producir apnea obstructiva. La lesión bilateral del nervio frénico produce apnea central. La lesión bilateral del nervio frénico puede coexistir con lesiones bilaterales del plexo braquial.
Los trastornos de la unión mioneural son usuales en el período neonatal. El botulismo y la miastenia gravis transitoria son los trastornos neuromusculares más comunes que afectan a la unión mioneural en los neonatos. El botulismo ataca el área presináptica, impidiendo la descarga normal de acetilcolina. El botulismo se manifiesta con signos de trastornos de la musculatura lisa (estreñimiento y anormalidades pupilares) y estriada (debilidad e hipotonía). La miastenia gravis es una enfermedad postsináptica; ataca los receptores nicotínicos de la acetilcolina del músculo estriado y se manifiesta con debilidad e hipotonía, pero sin evidencia alguna de trastornos de la musculatura lisa (no estreñimiento, ni anormalidades pupilares).
Las miopatías pueden producir apnea. Los neonatos con distrofia miotónica a menudo necesitan apoyo respiratorio prolongado por ataques frecuentes de apnea. El diagnóstico se puede hacer estrechándole la mano a la madre. Las madre con distrofia miotónica tiene dificultad en relajar la musculatura después del apretón de manos.

La apnea por causas no neurológicas es más frecuente que la de origen neurológico. Entre las causas de apnea no neurológicas se cuentan el reflujo gastroesofágico, las anormalidades de las vías respiratorias altas, las enfermedades sistémicas y las neumopatías.