Los neonatos con el síndrome alcohólico fetal suelen presentar temblor. Las convulsiones no son frecuentes, excepto en neonatos con anormalidades prosencefálicas de línea media. Estas son: agenesia del cuerpo calloso, displasia septoóptica y holoprosencefalia. Otras malformaciones cerebrales que ocurren con el síndrome son los errores de proliferación neuronal y glial y de migración neuronal. El cociente intelectual tiende a correlacionarse con los rasgos dismórficos: a más dismorfismo, más retardo. Se ha descrito un patrón EEG caracterizado por hipersincronismo excesivo. Defectos septales cardíacos ocurren en más de la mitad de estos pacientes.

Síndrome fetal por anticonvulsivantes
El uso materno de fármacos anticonvulsivos durante el embarazo, sobre todo la fenitoína, el fenobarbital y la primidona, puede producir microcefalia congénita. La carbamacepina y el ácido valproico han estado implicados en la producción de síndromes de malformación fetal, aunque la microcefalia no es su característica más frecuente. Los neonatos con exposición fetal a los fármacos anticonvulsivos tienen, a menudo, una facie característica: fontanelas amplias, sutura metópica en forma de loma, hipertelorismo, epicanto, puente nasal ancho e hipoplasia de las falanges distales y uñas a veces, escroto bífido o en mantón, anormalidades cardíacas, labio leporino y paladar hendido. El efecto teratogénico de estos fármacos puede relacionarse con su degradación a compuestos epóxidos, que el hígado fetal es incapaz de metabolizar. Los pacientes con este síndrome sufren retraso del desarrollo. El diagnóstico se hace por los antecedentes maternos de ingestión de medicamentos anticonvulsivos durante el embarazo.