La tercera teoría es que estos reflejos son el resultado de convulsiones de origen subcorticales, ya sea en el tallo cerebral o en el cerebelo. La ausencia de aumento focal de captación de isótopos en el cerebelo durante los reflejos patológicos no avala un origen cerebeloso, pero la posibildad de su origen en el tallo cerebral no puede excluirse.
Las causas de los reflejos patológicos son las mismas que las que producen las convulsiones. La causa más frecuente de reflejos patológicos es la encefalopatía hipóxico-isquémica. Los neonatos con reflejos patológicos requieren una evaluación igual a la de los neonatos con convulsiones pero no requieren farmacoterapia antiepiléptica.

Los reflejos patológicos en neonatos sin enfecalopatía occuren el síndrome de hiperexitabilidad. El síndrome de hiperexcitabilidad consiste en la asociación de temblores de alta amplitud, reflejos musculotendinosos o reflejos de estiramiento muscular aumentados y bajo umbral para el reflejo de Moro. Los neonatos con el síndrome de hiperexcitabilidad también pueden presentar hiperelasticidad (aumento de los movimientos pasivos en las articulaciones de los miembros) e hipermotilidad.

Enfermedad de sobresalto
La enfermedad de sobresalto se caracteriza por una intensificación patológica de la respuesta de sobresalto. La enfermedad de sobresalto se debe a una anormalidad de los receptores de la glicina de las neuronas en la sustancia reticular de la médula espinal y el tallo cerebral. Esta enfermedad se trasmite de forma autosómica recesiva ligada al cromosoma 5. Las manifestaciones clínicas consisten en una contracción tónica de las cuatro extremidades y sacudidas mioclónicas masivas (presione el botón izquierdo sobre las pantallas). Estos eventos pueden acompañarse de apnea. No hay cambios en la actividad del EEG durante los episodios, salvo un enlentecimiento debido a hipoxia, si la apnea se prolonga. La frecuencia cardíaca aumenta al principio del ataque, pero, si la apnea se prolonga, disminuye pasados algunos minutos. El sobresalto puede activarse por estímulos tactiles, sobre todo de la cara y la nariz, u ocurrir espontáneamente. La flexión forzada de la cabeza y piernas hacia el tronco detiene el episodio de contracción tónica y la apnea. El uso del clonazepam puede disminuir la frecuencia de los eventos.

Movimientos extrapiramidales
Estos movimientos ocurren entre los 2 y 3 meses de edad en lactantes nacidos antes de término que sufrieron o sufren de displasia broncopulmonar. Los movimientos extrapiramidales usualmente afectan la región buco-lingual, pero también pueden afectar los miembros, el cuello y el tronco. En la región buco-lingual estos movimientos consisten en movimientos repetidos de succión que pueden interferir con la alimentación. El clonazepan puede disminuir estos movimientos.